依照高中九五暫綱編輯的高一下歷史課本（中國史），各版本對南京大屠殺這段歷史著墨不多，翰林版也隻字未提，引發外界質疑。國立編譯館今天強調，除了翰林版之外，其他版本教科書內容都有南京大屠殺，國編館並未對這段歷史特別審查。

國立編譯館中小學教科書組主任楊國揚指出，普通高中課程暫行綱要（簡稱九五暫綱），強調歷史細節部份不要與九年一貫課程重複，國中歷史教科書包括南一、康軒、翰林與仁林四個版本，在國二下學期的教材中，對日本侵華歷史都有明確說明，其中包括南京大屠殺內容，高中歷史課本編纂時也避免重複。

楊國揚強調，雖然翰林版內容沒有提到南京大屠殺，但龍騰、康熹、南一、三民等版本內容多少都有提到南京大屠殺，可見國編館在審書過程中，並沒有特別針對南京大屠殺這段歷史審查。