2008年二次政黨輪替，前後任總統馬英九、陳水扁在總統府內完成交接。不過兩年多過去，馬政府清查公文後發現，扁時期總統府高階首長辦公室的大量公文人間蒸發，算一算共收到3萬8千多件公文，不過歸檔只有2632件，歸檔比例只有6.76%，有3萬6000多件公文不知去向。 府方批評前朝濫權違法，公文竟然直接跳過內收發室送到五長辦公室，根本沒有進入內部公文系統，導致如今根本無從追查公文流向何處。因此將扁呂等共17人可能涉及行政疏失的相關事証送交監察院調查。而檔案局官員表示，如果公務員涉及刻意遺失公文者，還可能面臨洩漏國家機密的刑事責任。 此外，這次總統府調查民進黨執政公文沒有歸檔，也發現高達有2萬5千多件的外交密抄不知去向，立委質疑這當中是不是有公文涉及機密外交案等弊案，外交部表示，將會仔細清查公文去向。 至於外界批評，馬政府為何只查民進黨執政時期，而不查李登輝執政時的公文，明顯有針對性的政治考量。府方認為，如果有發現李登輝有未將公文歸檔等情事，民進黨執政8年不查，那是扁政府明顯怠忽職守。 (2011-03-30 20:00) 公視晚間新聞