雲林地區的地層下陷情況嚴重、恐怕會威脅高鐵的行車安全，而自來水公司打算在五月底以前、把高鐵沿線三公里範圍內的深水井、全部封起來；另外、雲林縣政府水利處也規畫進行產業調整、解決目前超抽地下水的問題。 位在雲林縣二崙鄉的這兩口深水井，是高鐵經由雲林境內沿線中，在三公里範圍內僅剩還未進行封填的兩口深水井，但是為了減緩地層下陷問題，台灣自來水公司將於五月底進行封井作業。 台灣自來水公司表示，這兩口深水井，每天約可供應四千噸民生用水供給居民使用，但因為自來水公司近期將完成西螺到台西的水管線工程，便可將林內淨水場的地表水送往該區以減少地下水抽取。 不過對此，雲林縣政府水利處則認為，雲林縣境內有高鐵經由的鄉鎮，深水井有六十一口，雖然只有十六口位在高鐵的三公里範圍內，但剩餘的這些深水井對地層下陷還是有所影響。 因為雲林縣長期欠缺地表水，導致地下水的大量抽取，恐怕造成高鐵危機，除了自來水公司進行深水井封填，雲縣府也規劃將從產業調整、節約用水和清查水井來進行，以減少地層下陷的問題，但雲林縣政府也說在替代水源未到位之前，並不會對灌溉農用的淺水井進行封井。 記者王威雄雲林報導 (2011-04-14 20:00) 公視晚間新聞